ความขัดแย้งระหว่างอาเจะห์กับรัฐบาลอินโดนีเซียมีประวัติศาสตร์ที่ยาวนานเกือบจะเท่าๆ กับอายุของสาธารณรัฐอินโดนีเซียอันเนื่องมาจากประวัติศาสตร์, การเมืองการปกครอง และอัตลักษณ์ทางวัฒนธรรม ทำให้อาเจะห์ต่อสู้เพื่อแยกตัวเป็นรัฐอิสระจากอินโดนีเซียมาตั้งแต่สมัยประธานาธิบดีซูการ์โน แต่ความขัดแย้งทวีความเข้มข้นและรุนแรงขึ้นในยุคระเบียบใหม่ของประธานาธิบดีซูฮาร์โต
ความขัดแย้งระหว่างรัฐบาลอินโดนีเซียในยุคระเบียบใหม่กับขบวนการต่อสู้เพื่อเอกราชอาเจะห์ หรือ Gerakan Aceh Merdeka (GAM) ที่เริ่มต้นขึ้นตั้งแต่ปี ค.ศ. 1976 ดำเนินมาจนถึงปีค.ศ. 2005 ที่ทั้งสองฝ่ายได้ลงนามในข้อตกลงสัญญาสันติภาพ (MoU) ซึ่งนำไปสู่การสิ้นสุดความขัดแย้งทางกายภาพที่ดำเนินมาเกือบสามทศวรรษ
ผลจากการลงนามในข้อตกลงสัญญาสันติภาพนอกจากจะนำไปสู่การถอนกำลังทหารอินโดนีเซียออกจากอาเจะห์และการที่ขบวนการ GAM วางอาวุธและมอบให้กับทางการซึ่งก่อให้เกิดบรรยากาศแห่งสันติภาพในอาเจะห์แล้ว ยังนำไปสู่การที่อาเจะห์สามารถจัดการการปกครองจังหวัดอาเจะห์ในรูปแบบที่เรียกว่า “เขตปกครองพิเศษ” ซึ่งมีสาระสำคัญดังนี้
1. กฎหมายว่าด้วยการปกครองอาเจะห์
ใน MoU ระบุว่า ต้องมีการร่างกฎหมายที่จะใช้ในการปกครองจังหวัดอาเจะห์ ใน MoU ใช้คำว่า “การปกครองตนเอง” (self-government) ในความหมายที่ตรงข้ามกับ “สิทธิการปกครองตนเองพิเศษ” (special autonomy) เพราะว่าสำหรับคนอาเจะห์แล้วคำว่า “autonomy” ที่พวกเขารู้จักมันไม่ได้สนองต่อความต้องการของพวกเขา อย่างไรก็ตามในร่างกฎหมายที่ผ่านการกลั่นกรองโดยรัฐมนตรีมหาดไทย คำว่า “การปกครองตนเอง” (self-government) ไม่ปรากฏในเนื้อหาเลย แต่แทนที่ด้วยคำว่า “จังหวัดหนึ่ง...ที่มีสถานะพิเศษ” แม้ว่าจะมีการโต้แย้งในหลายๆ ประเด็น แต่ในที่สุดก็ได้มีการประกาศใช้กฎหมายเกี่ยวกับการปกครองท้องถิ่นและรัฐบาลท้องถิ่นอาเจะห์ (Undang-Undang Pemerintah Aceh - Law on Governing Aceh [LoGA] No.11) หรือ UUPA No. 11 เมื่อปี ค.ศ.2006
เนื้อหาสาระสำคัญของกฎหมายการปกครองท้องถิ่นและรัฐบาลท้องถิ่นอาเจะห์คือการเพิ่มอำนาจในการจัดการบริหารจังหวัดอาเจะห์โดยคนท้องถิ่นเองทั้งในด้านการเมือง การจัดสรรทรัพยากร เศรษฐกิจและบัญญัติกฎหมายอิสลามใช้ในอาเจะห์ ตามที่ระบุไว้ใน MoU
2. อาเจะห์สามารถมีอำนาจในการเลือกตั้งผู้ว่าราชการจังหวัดและสภาจังหวัดเพื่อบริหารจังหวัดอาเจะห์
การเลือกตั้งท้องถิ่นเป็นเรื่องที่มีความหมายและความสำคัญอย่างมากต่อคนอาเจะห์ การเลือกตั้งท้องถิ่นครั้งแรกของอาเจะห์มีขึ้นเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม ค.ศ. 2006 เป็นการเลือกตั้งผู้ว่าและรองผู้ว่าราชการจังหวัดของอาเจะห์ ซึ่งแต่เดิมตำแหน่งดังกล่าวจะเป็นการแต่งตั้งโดยรัฐบาลกลางที่จาการ์ตา การเลือกตั้งท้องถิ่นคราวนี้ต่างจากการเลือกตั้งท้องถิ่นในที่อื่นๆ ของอินโดนีเซียที่การเลือกตั้งจะดำเนินการภายใต้การดูแลของกรรมการการเลือกตั้งทั่วไปท้องถิ่น (Komisi Pemiliah Umum Daerah – KPUD) แต่ว่าการเลือกตั้งท้องถิ่นของอาเจะห์ดำเนินการโดยกรรมการการเลือกตั้งอิสระ (Komisi Independen Pemilihan – KIP) นอกจากนี้ผู้ลงสมัครรับเลือกตั้งที่อาเจะห์จะเป็นผู้สมัครอิสระก็ได้ นอกจากนี้ผู้แทนประชาชนในสภาระดับอำเภอในอาเจะห์ก็เป็นการเลือกตั้งโดยตรงโดยคนอาเจะห์ซึ่งพรรคการเมืองท้องถิ่นสามารถลงสมัครรับเลือกตั้งได้
สมาชิกสภานิติบัญญัติจังหวัดอาเจะห์ก็จะมีตัวแทนของพรรคการเมืองท้องถิ่นเข้าไปมีส่วนร่วมทำงานร่วมกันพรรคการเมืองระดับชาติโดยการเลือกตั้งของประชาชน
3. อาเจะห์สามารถจัดตั้งพรรคการเมืองท้องถิ่นได้
การเกิดพรรคการเมืองท้องถิ่นขึ้นที่อาเจะห์ถือเป็นตัวอย่างการกระจายอำนาจสู่ท้องถิ่นที่ก้าวหน้าที่สุดในอินโดนีเซีย โดยในการเลือกตั้งทั่วไปเมื่อปี ค.ศ. 2009 ซึ่งเป็นการเลือกตั้งทั่วไประดับชาติ ซึ่งที่อาเจะห์เพียงแห่งเดียวเท่านั้นที่มีพรรคการเมืองท้องถิ่นสามารถลงสมัครรับเลือกตั้งได้ มีพรรคการเมืองท้องถิ่นของอาเจะห์ที่ผ่านการพิจารณา มีการจดทะเบียนและสามารถลงสมัครรับเลือกตั้งได้ทั้งสิ้น 6 พรรคได้แก่ พรรคอาเจะห์ (Partai Aceh), พรรค SIRA (Partai Suara Independen Rakyat Aceh), พรรค PRA (Partai Rakyat Aceh), พรรคอาเจะห์มั่นคงปลอดภัย (Partai Aceh Aman Sejahtera), พรรคอธิปไตยอาเจะห์ (Partai Daulat Atjeh) และ พรรคอาเจะห์เป็นหนึ่ง (Partai Bersatu Atjeh)
แม้ว่าอาเจะห์จะมีสิทธิในการปกครองตัวเองในรูปแบบของเขตปกครองพิเศษ, เขตปกครองตัวเอง หรือ พื้นที่พิเศษ ตามแต่จะเรียก แต่อาเจะห์ก็ยังเป็นเขตการปกครองหนึ่งของสาธารณรัฐอินโดนีเซีย และยังคงเป็นส่วนหนึ่งของอินโดนีเซียที่ไม่ได้แยกออกเป็นรัฐอิสระ
ดังนั้นท่ามกลางการพูดถึงการเจรจาสันติภาพระหว่างรัฐบาลไทยกับกลุ่ม BRN ที่กำลังดำเนินไปอยู่นี้ เราไม่ควรที่จะเร่งด่วนสรุปว่า “เขตปกครองตนเอง” หรือ “เขตปกครองพิเศษ” นั้นจะทำให้ประเทศไทยสูญเสียดินแดนหรืออำนาจการปกครองเหนือบริเวณดังกล่าวไป เราก็เห็นตัวอย่างจากสิ่งที่เกิดขึ้นในอาเจะห์แล้วว่า การได้รับสิทธิใน “การปกครองตนเอง” นั้นไม่ได้ทำให้อาเจะห์เป็นเอกราชหรือเป็นรัฐอิสระแยกออกจากประเทศอินโดนีเซีย แต่เป็นการที่อาเจะห์สามารถดูแลจัดการการปกครองตัวเองโดยอยู่ภายใต้โครงสร้างการปกครองของสาธารณรัฐอินโดนีเซียและภายใต้บรรยากาศแห่งสันติภาพที่คนอาเจะห์และคนอินโดนีเซียในที่อื่นๆ ต้องการจะให้บังเกิดขึ้น