กองทัพเป็นรากเหง้าที่สำคัญของความขัดแย้งเนื่องจากทหารเข้ามามีบทบาทแทรกแซงทางการเมืองมานาน โดยการข่มขู่ว่าจะใช้กำลัง การใช้อิทธิพลกดดันนโยบายของรัฐบาล กดดันเพื่อเปลี่ยนรัฐมนตรี และการยึดอำนาจโดยปฏิวัติรัฐประหาร ซึ่งทหารมักอ้างว่ารัฐบาลไม่มีเสถียรภาพ ระบบการเมืองไม่เป็นประชาธิปไตยเท่าที่ควรมีการฉ้อราษฎร์บังหลวง จึงจำเป็นต้องเข้ารักษาไว้ซึ่งความมั่นคงของประเทศ แต่ในความเป็นจริงยังมีปัจจัยอื่น ๆ ในการแทรกแซงอีก เช่น การเสียอำนาจและผลประโยชน์ระหว่างกลุ่มผู้มีอำนาจ ชนชั้นนำ และกองทัพ หรือการได้รับคำสั่งจากรัฐบาล รวมถึงภารกิจข่าวกรองสอดส่องโดยอาศัยข้ออ้างเรื่องความมั่นคงของชาติ
การแทรกแซงของทหารนี้เป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาประชาธิปไตย ทำให้มีการเปลี่ยนแปลงรัฐธรรมนูญบ่อย ระบบพรรคการเมืองและสภาผู้แทนราษฎรขาดความต่อเนื่อง ขาดเสถียรภาพในการบริหารบ้านเมือง ส่งผลให้เสียภาพพจน์ทางการเมืองในสายตาของต่างประเทศ ทำให้ทหารเข้ามามีบทบาททางการเมืองโดยไม่ต้องมาจากการเลือกตั้งตามระบอบประชาธิปไตย นอกจากนี้ยังอาจเกิดความแตกแยกในกองทัพ และเกิดปัญหาเรื่องการเพิ่มงบประมาณของกองทัพ ที่ไม่สมดุลในสัดส่วนงบประมาณของประเทศ
ปัญหาที่เกิดกับการเมืองในอดีต อันเป็นผลจากการที่ทหาร ตำรวจ หน่วยข่าวกรอง และหน่วยงานลับ มักจะมีอำนาจอย่างมาก โดยเฉพาะในบางครั้งอำนาจของหน่วยงานเหล่านี้อาจจะอยู่ "เหนือกฎหมาย" สภาพเช่นนี้ทำให้หน่วยงานต่าง ๆ ที่ทำงานด้านความมั่นคงแทนที่จะรับใช้ประชาชน กลับกลายเป็นองค์กรที่ถูกใช้เพื่อล้อมปราบประชาชน และบางครั้งก็กลายเป็นจุดของการสร้างแนวคิดทหารนิยม (Militarism) ในสังคมนั้น ๆ ทำให้ความคิดเกี่ยวกับการตรวจสอบกองทัพทำให้กองทัพอยู่ภายใต้รัฐบาลพลเรือนเป็นไปได้ยาก
ผลกระทบจากการเรืองอำนาจของกองทัพในทางการเมือง
1. ฝ่ายความมั่นคงแทรกแซงทางการเมือง
ในยุคหลังรัฐธรรมนูญ 2540 กองทัพและฝ่ายความมั่นคงได้เข้าแทรกแซงการเมืองด้วยความรุนแรงโดยการรัฐประหาร 19 กันยายน 2549 ฝ่ายความมั่นคงหรือ คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข (คปค.) นั้นได้ทำการรัฐประหารล้มรัฐบาลทักษิณ ทั้งยังออกประกาศ พ.ร.บ.ลิดรอนสิทธิเสรีภาพของประชาชนหลายฉบับ อาทิ พรบ.การรักษาความมั่นคงภายใน 2550 และมีส่วนในการร่างรัฐธรรมนูญฉบับปี 2550 รวมไปถึงการปรับสัดส่วนกรรมการในสภากลาโหมให้ข้าราชการประจำมีจำนวนสัดส่วนมากกว่าข้าราชการพลเรือน/การเมือง อีกด้วย
ภายหลังจากการประกาศใช้รัฐธรรมนูญปี 2550 และมีการเลือกตั้งรัฐบาลแล้ว ฝ่ายความมั่นคงมีท่าทีที่แตกต่างกันเมื่อรัฐบาลมาจากต่างพรรคการเมือง ดังจะเห็นได้จากช่วงรัฐบาลของพรรคพลังประชาชนนั้นฝ่ายกองทัพไม่เข้าร่วมการจัดการผู้ชุมนุมของพันธมิตรและปล่อยให้เป็นหน้าที่ของฝ่ายตำรวจในการจัดการ ในช่วงรัฐบาลสมชายซึ่งถูกกดดันจากหลายฝ่ายนั้นฝ่ายกองทัพก็ได้แสดงความเห็นกดดันให้รัฐบาลลาออกเช่นกัน
ส่วนในยุครัฐบาลของพรรคประชาธิปัตย์นั้นในการชุมนุมของฝ่าย นปช. ทั้งปี 2552 และ 2553 นั้นฝ่ายความมั่นคงได้ปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลโดยไม่ขัดขืนทั้งยังเป็นหน่วยงานที่เข้าสลายการชุมนุมของกลุ่ม นปช. ทั้งสองครั้ง การทำงานของฝ่ายความมั่นคงกับรัฐบาลยุคอภิสิทธิ์นั้นสอดคล้องไปด้วยกัน
ยิ่งในยุคหลังการรัฐประหารของ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา กองทัพได้กลายเป็นโล่เหล็กและเป็นกลไกสำคัญในการทำบัญชีรายชื่อบุคคลผู้เป็นภัยต่อความมั่นคงและเรียกบุคคลเหล่านั้นเข้ารายงานตัวในค่ายทหาร และดำเนินคดีเกี่ยวกับความมั่นคงในศาลทหารเป็นจำนวนมหาศาล และในช่วงที่มีการชุมนุมประท้วงต่อต้านรัฐบาลทหารกองทัพก็เป็นองค์กรที่ใช้ในการกดปราบผ่านการประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินของรัฐบาลอีกด้วย
จากเหตุการณ์การเมืองดังกล่าวข้างต้นนี้ จะเห็นได้ว่าฝ่ายความมั่นคงนั้นแทรกแซงการเมืองโดยการเลือกที่จะปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลบางรัฐบาลเท่านั้น หาใช่กองทัพอาชีพที่รับบัญชาจากรัฐบาลที่ได้รับอาณัติมาจากประชาชน แล้วปฏิบัติภารกิจตามกรอบของรัฐธรรมนูญในการธำรงไว้ซึ่งสิทธิเสรีภาพของประชาชน
2. ฝ่ายความมั่นคงและข่าวกรองใช้วิธีในยุคสงครามเย็น
การดำเนินงานจัดการกับปัญหาทางการเมืองของฝ่ายความมั่นคงและรัฐบาลไทยนั้นยังคงใช้วิธีการที่เรียกว่า “การเมืองนำทหาร” คือการใช้กำลังทหารภายใต้แนวทางทางการเมืองที่ชัดเจนมีการจัดการองค์กรที่เป็นองค์เดียวชัดเจน มีลักษณะสร้างความเป็นศัตรูให้แก่มวลชนหรือเชื้อชาติที่ต่อต้านรัฐบาล ให้มวลชนกลุ่มอื่น ๆ มองว่ากลุ่มมวลชนดังกล่าวนี้เป็นศัตรูกับทุกคนในสังคมแล้วดึงมวลชนของศัตรูมาเป็นพวกกับฝ่ายรัฐบาลให้มากที่สุดจนฝ่ายตรงข้ามอ่อนแรง อันเป็นวิธีการที่รัฐไทยใช้มาตั้งแต่ยุคสงครามเย็นและยังคงใช้อยู่ในปัจจุบัน วิธีการดังกล่าวสามารถที่จะปราบฝ่ายตรงข้ามรัฐบาลได้อย่างราบคาบก็จริง แต่ก็อาจจะส่งผลให้เกิดแรงต้านที่ร้ายแรงกว่าเดิมได้ดังกรณีที่เห็นได้จากหลาย ๆ ประเทศ
เราจะเห็นวิธีการดังกล่าวอย่างชัดเจนใน “ผังล้มเจ้า” ของ ศอฉ. ซึ่งเป็นการนำรายชื่อของบุคคลต่าง ๆ จากฝ่ายข่าวกรองที่คาดว่าเกี่ยวข้องกับกลุ่ม นปช. และมีแนวคิดที่จะล้มล้างสถาบันกษัตริย์มาโยงเป็นเครือข่ายอันจะเป็นอันตรายต่อความมั่นคงของรัฐออกประกาศทางสื่อกระแสหลักต่าง ๆ ที่สร้างความเป็นศัตรูแก่ประเทศให้แก่กลุ่ม นปช. ทั้งยังเป็นการสร้างความชอบธรรมในการใช้ความรุนแรงของรัฐในการเข้าสลายผู้ชุมนุมอีกด้วย การใช้วิธีการดังกล่าวเป็นการทำลายปฏิปักษ์ทางการเมืองของฝ่ายรัฐบาลและเป็นการแทรกแซงฝ่ายข่าวกรองโดยรัฐบาลใช้เป็นเครื่องมือในการทำลายปฏิปักษ์ของตนด้วย รวมไปถึงการทำบัญชีรายชื่อบุคคลที่เป็นต่อความมั่นคงของรัฐ ในกรณี รายชื่อเฝ้าระวังบุคคลที่วิพากษ์วิจารณ์สถาบันหลักของชาติ หรือบุคคลที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับขบวนการเรียกร้องการปกครองตนเอง โดยผลักไสให้กลายเป็นกลุ่มแบ่งแยกดินแดนเป็นอาชญากรหรือกลุ่มก่อการร้ายที่ฝ่ายความมั่นคงล็อคเป้าหมาย และมีการฟ้องร้องดำเนินคดีในศาลอีกด้วย
ยุทธวิธีดังกล่าวเป็นมรดกทางยุทธศาสตร์ที่ตกทอดมาจากยุคสงครามเย็น อันใช้วิธีสร้างศัตรูของชาติขึ้นมา ก่อให้เกิดการแบ่งแยกในหมู่มวลชนด้วยกัน ยิ่งเป็นการผดุงความขัดแย้งไว้มากกว่าการรักษาความมั่นคงของสังคมโดยการสร้างความปรองดอง
3. การฉวยใช้ประโยชน์จากสถาบันหลักของชาติ
การอ้างความมั่นคงเป็นปึกแผ่นและบูรณภาพของดินแดน กดปราบขบวนการเคลื่อนไหวที่เรียกร้องให้มีการผลักดันนโยบายปกครองตนเองหรือกระจายอำนาจ ให้กลายเป็น ศัตรูของชาติ เป็นภัยคุกคามต่อการดำรงอยู่ของราชอาณาจักรไทย โดยอ้างว่ารัฐไทยเป็นรัฐเดี่ยวหนึ่งเดียวไม่อาจแบ่งแยกได้ ทั้งที่จริงแล้ว การปกครองตนเองและการกระจายอำนาจ หาใช่การแยกดินแดนออกไปตั้งรัฐใหม่ แต่เป็นการออกแบบการปกครองระดับพื้นที่/ท้องถิ่น ให้สอดคล้องกับความแตกต่างหลากหลายของประชากรและความจำเป็นพื้นฐานของแต่ละพื้นที่ อันเป็นวิถีทางที่สอดคล้องรัฐธรรมนูญ
สถาบันหลักของชาติอย่างเช่น สถาบันกษัตริย์ ถูกฝ่ายความมั่นคงดึงเข้ามาเป็นเครื่องมือทางการเมืองในการทำลายปฏิปักษ์ทางการเมืองของฝ่ายตน โดยเฉพาะกรณีการดำเนินคดีมาตรา 112 ต่อประชาชนผุ้เห็นต่าง การดึงสถาบันหลักของชาติมาใช้เป็นเครื่องมือทางการเมืองนี้ส่งผลต่อภาพลักษณ์ของสถาบันหลักของชาติเอง เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์จากผู้ที่เป็นเหยื่อจากการดำเนินการของรัฐเองต่อสถาบันหลักของชาติที่ไม่ควรเข้ามายุ่งเกี่ยวกับการเมือง ทั้งที่ฝ่ายที่อ้างสถาบันกษัตริย์เป็นหน่วยงานด้านความมั่นคงเองหาใช่สถาบันกษัตริย์โดยตรงไม่
จากปัญหาข้างต้นเห็นได้ว่ารัฐไทยในช่วงระยะเวลาจากปี 2548-2566 นั้นมีลักษณะที่ขยายอำนาจของรัฐฝ่ายความมั่นคงมากขึ้น แต่รัฐมีความชอบธรรมน้อยลงจากการขยายอำนาจของตนในด้านต่าง ๆ เช่น การแทรกแซงองค์กรอิสระ การลิดรอนสิทธิเสรีภาพของประชาชน การขาดอำนาจนำของรัฐ เป็นต้น และมีความชอบธรรมในการบังคับใช้กลไกของรัฐตกต่ำลงมากขึ้น