ทันทีที่ คสช. ขอบคุณ ธีรยุทธ บุญมี ธีรยุทธก็ได้วางมาตรฐานใหม่ให้แก่การทำงานวิชาการเพื่อสนับสนุนและแอบอิงไปกับเผด็จการทหาร แนวทางสำคัญ ๆ ได้แก่งานวิชาการที่
1. ไม่ตำหนิความเป็นเผด็จการล้มล้างระบอบประชาธิปไตยของทหาร ไม่ตำหนิว่าทหารไม่เป็นประชาธิปไตย ไม่ตำหนิการได้อำนาจมาอย่างไม่ชอบธรรมด้วยการใช้กำลังขู่เข็ญปล้นอำนาจประชาชน
2. ไม่ประณามการละเมิดสิทธิมนุษยชนของทหาร ไม่เอ่ยถึงการใช้ศาลทหารละเมิดสิทธิมนุษยชน ไม่ตำหนิการข่มขู่คุกคาม การไล่จับกุมโดยอำเภอใจ การใช้กฎหมายบังหน้าการใช้อำนาจโดยอำเภอใจด้วย ม. 44
3. ไม่เอ่ยถึงความรุนแรงและไร้ระบบกฎหมายของ ปมอ. มาตรา 112 ไม่เอ่ยถึงการละเมิดสิทธิมนุษยชนของกระบวนการทางกฎหมายที่เกี่ยวเนื่องกับคดีเรื่องนี้ ซึ่งรัฐบาล คสช. ย่อมต้องมีส่วนรับผิดชอบ แต่นักวิชาการที่เผด็จการจะฟังต้องไม่เอ่ยถึง
4. ไม่ตำหนิความล้มเหลวของกระบวนการทางการเมืองของ คสช. ที่ไม่สามารถสร้างความปรองดองได้ยังไม่พอ แต่ยิ่งกลับเพิ่มการแบ่งขั้วทางการเมือง เพิ่มการดำเนินการทางการเมืองที่ตอกย้ำความร้าวลึกของการแบ่งขั้วการเมือง
5. ยุยงส่งเสริมให้ทหารใช้อำนาจเผด็จการให้มากยิ่งขึ้น ตามแนวทางที่ตนเองและพรรคพวกเห็นว่าดีที่สุดโดยไม่จำเป็นต้องขอฉันทามติจากประชาชน ไม่ใส่ใจเพิ่มอำนาจต่อรองในการกำหนดนโยบายและการบริหารประเทศ นอกจากจะใช้ลีลาที่ไม่แตะต้องความเลวร้ายของระบอบ หรืออีกนัยหนึ่งคืออิงแอบอาศัยอำนาจตามน้ำทหาร ไม่ว่าทหารจะละเมิดใคร ไม่เห็นหัวประชาชนที่ไหนใครก็ตาม แต่ขอให้ฟังนักวิชาการอย่างฉันเป็นพอ
งานวิชาการแบบนี้จะเจริญรุ่งเรืองในระบอบเผด็จการ และวางรากฐานให้แก่นักวิชาการรุ่นหลังที่อยากไต่เต้าทางการเมืองและเติบโตทางวิชาการในระบอบเผด็จการได้เจริญรอยตามต่อไป ทั้งยังจะช่วยรับรองเผด็จการทหารให้มีอำนาจในสังคมการเมืองไทย ไปได้อีกนานเท่านาน