ระบบนิเวศลุ่มน้ำสาละวิน ถือว่า มีความสำคัญต่อภูมิภาคนี้เป็นอย่างมาก เนื่องจากแม่น้ำสาละวินเป็นแม่น้ำนานาชาติสายสุดท้ายในภูมิภาคนี้ที่ยังไม่ได้ถูกล่ามโซ่ด้วยเขื่อน นักนิเวศวิทยาได้จัดให้แม่น้ำสาละวินเป็นศูนย์กลางของการกระจายพันธุ์ไม้สักของโลก
พื้นที่ลุ่มน้ำสาละวิน เป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพสูง มีระบบนิเวศสลับซับซ้อนเนื่องจากเป็นพื้นที่ต่อเนื่องระหว่างเขตชีวภูมิศาสตร์ย่อยอินโดจีนกับพื้นที่ต่อเนื่องจากชีวภูมิศาสตร์สิโนหิมาลายันหรือเขตชีวภูมิศาสตร์ย่อยอินเดีย
แต่ก็เป็นที่น่าเสียดายว่า เกือบครึ่งศตวรรษที่ผ่านมา การศึกษาระบบนิเวศวิทยาของแม่น้ำสาละวิน มีอยู่น้อยมาก เนื่องจากในพื้นที่มีการสู้รบระหว่างชนกลุ่มน้อยกับรัฐบาลทหารพม่ามาตลอด ด้วยข้อมูลเรื่องราวๆ ต่างที่เกี่ยวข้องกับแม่น้ำสาละวินมีอยู่จำนวนน้อย ชาวปกากะญอแห่งลุ่มน้ำสาละวิน จึงได้ร่วมกันศึกษาข้อมูลของพื้นที่ลุ่มน้ำสาละวินขึ้นมา เพื่อนำเสนอข้อเท็จจริงบางประการที่สังคมยังไม่รู้เกี่ยวกับแม่น้ำสายนี้ โดยการศึกษาครั้งนี้ใช้ชื่อว่า 'งานวิจัยปกากะญอ ‘วิถีแม่น้ำ วิถีป่า ของ ปกากะญอสาละวิน' ซึ่งจัดทำโดยนักวิจัยจาก ๕๐ หย่อมบ้านริมฝั่งน้ำสาละวิน ในเขตอำเภอแม่เสรียง และอำเภอสบเมย จังหวัดแม่ฮ่องสอน
งานวิจัย ได้จำแนกระบบนิเวศอันหลากหลายของแม่น้ำสาละวิน ออกเป็น ๑๘ ระบบคือ เกหรือเก้-แก่ง, กุยหรือกุ้ย หรือทีเกว่อ-วังน้ำ, ทีลอจอ-น้ำตกที่ตกลงมาเป็นหยดๆ ,นออูหรู่-น้ำซับ,ทีหนึ-น้ำมุด,แมหมื่อโข่-หาดหินกรวด,แมวาโข่-หาดทราย,โหน่-หนองน้ำ,ทีสะเหน่อ-แอ่งน้ำเว้าเข้าไปในฝั่งที่มีขนาดเล็ก,ทีวอ-แอ่งน้ำเว้าเข้าไปในริมฝั่งขนาดใหญ่,เลอกะปา-แนวหินริมฝั่ง,ทีลอซู-น้ำตก,โค-บริเวณที่มีน้ำตื้นแต่มีกระแสน้ำไหลแรง,ทีโยนขุ่ยอะแล-บริเวณร่องน้ำเก่า,ทีกะติ-บริเวณที่มีร่องน้ำแคบ,เว่ยจี-บริเวณที่มีน้ำวนขนาดใหญ่,ที้นีทิ-ริมตลิ่ง,ทีถะหรือที้ท่า-ปากห้วย
นอกจากระบบนิเวศ ทั้ง ๑๘ ระบบที่กล่าวมาแล้ว บนพรมแดนไทย-พม่า ตั้งแต่ผาตั้งลงมาจนถึงบ้านสบเมย ยังมีระบบนิเวศที่สำคัญตามจุดต่างๆ ถึง ๒๓ จุด เช่น เลกวอท่า,เว่ยจี,ดากวิน,แก่งแม่คาเก,ซุแมท่า เป็นต้น
พ่อหลวงธวัชชัย อมรใฝ่ชนแดน กล่าวถึงการศึกษาวิจัยครั้งนี้ว่า
‘พวกเราอยากให้คนนอกรู้ว่า ที่แม่น้ำสาละวิน มันไม่ได้มีแต่แม่น้ำอย่างเดียว มันยังมีคนอยู่ตามริมน้ำ อาศัยแม่น้ำหาปลา อาศัยริมฝั่งปลูกผัก แต่ก่อนนี่คนภาย นอกจะรู้ว่าปกากะญอทำอย่างเดียว ก็คือปลูกข้าวไร่ แต่พอมาที่สาละวินนี่ปกากะญอหาปลาด้วย'
ในช่วงหน้าแล้งยามน้ำลด ริมฝั่งแม่น้ำทั้งสองฝั่งจะเต็มไปด้วยพืชริมน้ำที่เกิดขึ้นตามหาดทรายซึ่งเป็นหนึ่งในระบบนิเวศแม่น้ำที่จะพบเห็นได้ในช่วงน้ำลดเท่านั้น หาดทรายที่ยาวโผล่พ้นน้ำขึ้นมา ชาวบ้านก็จะลงไปจับจองเพื่อปลูกผัก ปลูกถั่วเอาไว้กินไว้ขาย
นอกจาก ชาวบ้านจะปลูกผักตามหาดทรายที่โผล่พ้นน้ำในหน้าแล้งแล้ว บางคนก็หาปลาในแม่น้ำไปขายเพื่อเป็นรายได้เลี้ยงครอบครัวอีกทางหนึ่ง
จากประสบการณ์ของชาวบ้านเช่น พะมูลอย ดีสมประสงค์ คนหาปลาบ้านสบเมย บอกเล่าถึงความสมบูรณ์ของระบบนิเวศแม่น้ำสาละวินที่ส่งผลให้แม่น้ำสาละวิน มีปลาจำนวนมากอาศัยอยู่ตามระบบนิเวศต่างๆ ของแม่น้ำ
‘ปลาในน้ำสาละวินมีเยอะ ถ้าเราไปวางจา-ตาข่ายตามแก่งหินได้ปลาทุกวัน เรามีปลากินไม่ต้องไปซื้อ เราก็ประหยัดเงินไปได้ ทุกอย่างเราหาเอาจากน้ำ เงินเราอยู่ในน้ำ'
กล่าวตามความจริง ระบบนิเวศของแม่น้ำสาละวิน จึงไม่ใช่สิ่งที่ส่งผลให้แม่น้ำสาละวิน อุดมสมบูรณ์เท่านั้น แต่ระบบนิเวศของแม่น้ำสาละวิน ยังเป็นพื้นที่หาอยู่หากินอันส่งผลถึงความอุดมสมบูรณ์ต่อชีวิตของคนในชุมชนสองฝั่งน้ำด้วยเช่นกัน
ความอุดมสมบูรณ์ของแม่น้ำไม่ได้มีเฉพาะบริเวณพรมแดนไทย-พม่าเท่านั้น ในบริเวณปากแม่น้ำยังมีพื้นที่ป่าที่ยังเหลืออยู่อีกมาก ประชาชนในเมือง ชาวไร่ชาวนา และชาวประมงกว่าครึ่งล้านที่อาศัยอยู่บริเวณปากแม่น้ำสาละวินเมือง มะละแหม่ง ประเทศพม่า ได้ใช้ประโยชน์จากแม่น้ำในด้านต่างๆ ทั้งหาปลา อาศัยน้ำในการปลูกข้าว เป็นต้น
จากรายงาน "แขวนบนเส้นด้าย" (In the Balance) ซึ่งเป็นรายงานที่จัดทำโดยองค์กรเยาวชนก้าวหน้าชาวมอญ (Mon Youth Progressive Organization: MYPO) ได้เผยให้เห็นชีวิตของประชาชนที่พึ่งพาริมฝั่งน้ำ ลำน้ำสาขา และเกาะแก่งต่างๆ บริเวณปากน้ำสาละวิน อันเป็นจุดที่น้ำจืดจากแม่น้ำไหลไปบรรจบกับน้ำเค็มจากทะเลอันดามัน ชีวิตของผู้คนที่นี้จึงผูกพันลึกซึ้งกับกระแสการไหลของน้ำตามฤดูกาล และการขึ้น-ลงของน้ำในแต่ละวัน
ระบบนิเวศบริเวณปากแม่น้ำสาละวินนั้น จัดได้ว่าเป็นระบบ ‘นิเวศสองน้ำ' คือ มีทั้งน้ำเค็ม และน้ำจืด พื้นที่ที่มีระบบนิเวศสองน้ำนั้นมีความอ่อนไหวเป็นอย่างยิ่ง เพราะเมื่อใดที่เกิดการเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้น ถ้าน้ำจืดมามากน้ำทะเลที่หนุนขึ้นมาก็จะน้อย ส่งผลให้สัตว์หรือพืชบางชนิดที่เกิดตามป่าชายเลนลดน้อยลง หรือถ้าหากว่าน้ำเค็มหนุนขึ้นมาเยอะก็จะส่งผลให้พืชและสัตว์ที่ต้องพึ่งพาน้ำจืดลดน้อยลงเช่นกัน
ระบบนิเวศแบบสองน้ำนี้ น้ำทั้งสองชนิดย่อมมีความสำคัญเท่าๆ กัน หากน้ำจืดน้อยไม่พอต่อการไล่น้ำทะเลช่วงที่น้ำทะเลหนุนก็จะส่งผลต่อระบบนิเวศบริเวณปากแม่น้ำเช่นกัน
ดังที่กล่าวมาแล้ว แม่น้ำสาละวิน ถือว่าเป็นแม่น้ำที่มีความหลากหลายทางชีวภาพสูงสายหนึ่งในภูมิภาคนี้ และรัฐบาลไทยก็เล็งเห็นความสำคัญในข้อนี้ รัฐบาลจึงได้ออกประกาศให้แม่น้ำสาละวิน เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำ (Wetland) ที่มีความสำคัญระดับนานาชาติเมื่อวันที่ ๑ สิงหาคม ๒๕๔๓